Παρά την κατασπατάληση κοινοτικών πόρων και τις καταδίκες από το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο, 4 λίμνες του οροπεδίου του Αμυνταίου παραμένουν απροστάτευτες, σύμφωνα με δημοσίευμα της εφημερίδας «Πρώτο Θέμα».

Οι εν λόγω λίμνες έχουν ενταχθεί στο δίκτυο Natura 2000 ως Ζώνες Ειδικής Προστασίας και Τόποι Κοινοτικής Σημασίας.

Η στάθμη των υδάτων της λίμνης Βεγορίτιδας έχει υποχωρήσει κατά 30 μέτρα, κυρίως λόγω των λανθασμένων διαχειριστικών πρακτικών και των ανεξέλεγκτων αρδευτικών γεωτρήσεων.

Στη Ζάζαρη και στη Χειμαδίτιδα παρατηρούνται φαινόμενα ευτροφισμού από υπολείμματα λιπασμάτων, που καταλήγουν εκεί μέσω των αποστραγγιστικών τάφρων, καθώς και ρύπανση από κτηνοτροφικές μονάδες.

Επίσης, σημαντικό είναι και το πρόβλημα των φερτών υλών.

Η λίμνη Πετρών αντιμετωπίζει προβλήματα καταπατήσεων, διαχείρισης των καλαμιώνων, καθώς και ρύπανσης από αστικά και βιομηχανικά λύματα.

Τα αστικά και βιομηχανικά λύματα μεταφέρονται μέσω συνδετήριας τάφρου και στη Βεγορίτιδα.

Το καθεστώς προστασίας στις λίμνες Πετρών και Βεγορίτιδα είναι ελλιπές, καθώς δεν έχει εκπονηθεί ακόμα η Ειδική Περιβαλλοντική Μελέτη (ΕΠΜ), δεν έχει γίνει επέκταση των Ζωνών Ειδικής Προστασίας, δεν έχει καθορισθεί επίσημα το μέγιστο και ελάχιστο της στάθμης στη Βεγορίτιδα και δεν έχουν σταματήσει οι καταπατήσεις των εκτάσεων που αποκαλύπτονται.